Рельеф республики характеризуется высокими хребтами, разделенными узкими и глубокими речными долинами, редкими широкими межгорными котловинами. Самая высокая гора — Белуха — 4506 м, является высочайшей точкой Сибири.
Гидрографическая сеть насчитывает более 20 тыс. водотоков протяженностью около 625 тыс. км и около 7 тысяч озер общей площадью более 700 км2. Наиболее крупные реки - Катунь и Бия, которые, сливаясь, образуют р. Обь, одну из самых крупных в Сибири. На территории Горного Алтая насчитывается около 7 тыс. озер, общей площадью более 600 км². Преобладают малые озера. Самое большое озеро - Телецкое (Алтын-Кель) площадью 230,8 км2 и максимальной глубиной 325 м. Озеро является проточным, его питают более 70 рек и речек. Из Телецкого озера вытекает единственная р. Бия.
Территория республики состоит из 10 районов, 1 города республиканского подчинения, 248 населенных пунктов.
Районы: Кош-Агачский, Майминский, Онгудайский, Турочакский, Улаганский Усть-Канский, Усть-Коксинский, Чемальский, Чойский, Шебалинский.
Коренные народности, населявшие Алтай издавна, принято называть алтайцами. Это телеуты, теленгинты, кумандинцы и тубалары. Они традиционные горные жители. В республике Горный Алтай существует официальное двуязычие — государственными языками признаны русский и алтайский.
Климат умеренно-континентальный, с относительно коротким жарким летом (июнь-август) и продолжительной (ноябрь-март) холодной, местами очень морозной, зимой. Растительные ресурсы республики насчитывают более 2 тысяч видов растений, из них 200 видов растений-эндемиков, встречаются только в горах Алтая.
Здесь произрастают свыше 40 видов плодово-ягодных растений. Около 100 видов растений входят в группу лекарственных, используемых в фармацевтической промышленности, а в народной медицине этот перечень гораздо шире. Многие реликтовые растения и растения-эндемики занесены в Красную Книгу.
Четверть территории республики покрыта лесами. Наиболее распространенным деревом является лиственница. Жемчужиной горных лесов можно назвать кедр. Есть пихта, ель и сосна. Из лиственных пород наиболее распространены береза, осина, тополь. Суммарные валовые запасы лекарственных растений составляют 400 тысяч тонн.
Реки Алтая — Бия, Башкаус, Чулышман, Юнгур, Карагем, Алахалой, Катунь и Чуя с притоками привлекают любителей сплавов с территории всей страны. По ним также можно проводить спортивные путешествия до самых высоких категорий сложности. Более простые маршруты популярны для туристских путешествий с детьми.